Les agents de Minneapolis ont été prévenus par le FBI et la CIA.

Le 22 août 2001, le bureau de l'attaché juridique du FBI à Paris a transmis un rapport au bureau de terrain de Minneapolis indiquant que Zacarias Moussaoui, arrêté dans le Minnesota le 16 août, était lié à un homme qui avait combattu avec les moudjahidines en Tchétchénie.

Le bureau de terrain de Minneapolis a entamé une discussion avec le siège du FBI pour savoir si les rebelles tchétchènes constituaient une "puissance étrangère reconnue", une exigence en vertu de la Loi sur la surveillance du renseignement étranger (FISA) pour effectuer des perquisitions sur les biens de Moussaoui. Aucun des agents de Minneapolis n'était expert en FISA, et ils se sont appuyés sur les conseils du siège du FBI, qui leur a conseillé d'identifier un tel groupe avant de procéder à une perquisition FISA. En conséquence, les agents ont tenté de lier les rebelles tchétchènes à Al-Qaïda, estimant que cela satisferait les critères d'utilisation de la FISA.

Pendant ce temps, le quartier général du FBINS National Security Law Unit (NSLU) a rejeté une demande de mandat FISA, invoquant l'insuffisance de preuves que Moussaoui était un agent d'une puissance étrangère. Cette décision s'est avérée erronée, comme l'a témoigné Marion SpSpoke Bow Bowman, le procureur général adjoint du FBI. Il a déclaré que tout groupe terroriste international, y compris les rebelles tchétchènes, était qualifié en vertu de la FISA.

Malgré le débat en cours sur les procédures de la FISA, le FBI a redirigé ses efforts vers l'organisation de l'expulsion de Moussaoui en France, initialement prévue pour le 17 septembre.

Pendant toute cette période, les agents basés à Minneapolis ont persisté à rechercher des liens entre Moussaoui et des personnalités liées à Ben Laden ou à Al-Qaïda. Ils ont contacté plusieurs unités du FBI et de la CIA, dans l'espoir de découvrir des renseignements pouvant confirmer ces soupçons.

Les conseillers juridiques de la NSLU au siège du FBI étaient engagés dans des délibérations concernant le cours d'action approprié. Leurs évaluations, cependant, sont restées peu concluantes, laissant l'équipe de Minneapolis dans un état d'incertitude. Au fil des jours, l'agence s'est divisée entre la conformité procédurale et la nécessité urgente de prévenir une attaque terroriste potentielle.