DNA baze podataka ujedinjuju se kako bi stvorili potpuno otvoren resurs posvećen istraživanju transponiranih elemenata. Ova inicijativa predstavlja veliku promjenu u načinu dijeljenja i korištenja genetskih podataka unutar znanstvene zajednice. Transponirani elementi, često nazvani "skakanje geni", igraju ključnu ulogu u oblikovanju struktura genoma, utjecaju na evoluciju i doprinose raznim biološkim funkcijama.
Sada se ove dvije istaknute baze podataka spajaju pod jednim, javno dostupnim okvirom čiji je cilj poboljšanje globalnih istraživačkih napora. Integracija Repbase i Dfam najavljena je u nedavnoj publikaciji u časopisu Mobile DNA. Kao dio ovog napora, cijela zbirka Repbase bit će dostupna pod licencom javne domene. Ovaj potez osigurava da su desetljeća pažljivo uređenih transponiranih podataka o elementima - prethodno ograničenih ograničenjima licenciranja - sada besplatni za sve istraživače širom svijeta. Odluka slijedi opsežne rasprave između timova koji stoje iza obje baze podataka, naglašavajući potrebu za jedinstvenim pristupom kako bi se zadovoljile evoluirajuće zahtjeve genomskog istraživanja.
Repbase, osnovan 1990. godine od strane pokojnog Jerzy Jurka u Genetic Information Research Institute (GIRI), dugo je smatran zlatnim standardom za uređivanje konsenzusnih sekvenci transponiranih elemenata. Njegova reputacija proizlazi iz rigoroznog ručnog uređivanja i detaljne anotacije. S druge strane, Dfam, pokrenut 2012. godine od strane istraživača iz Instituta za sustavnu biologiju (ISB) i Sveučilišta u Arizoni, postao je vodeći open-source alat za masovnu anotaciju genoma. Kombiniranjem duboke stručnosti Repbase®-a u uređivanju s robusnom infrastrukturom i širokim taksonomskim dosegom Dfam®-a, spajeni resurs obećava ponuditi sveobuhvatniju i korisnički prihvatljivu platformu za istraživače.
Robert Hubley, ko-glavni istraživač projekta Dfam na ISB-u, naglasio je značaj ove suradnje. Napomenuo je da su oba resursa značajno pridonijela polju, ali da će njihova kombinirana snaga omogućiti istraživačima pristup ujedinjenoj otvorenoj platformi. Ova platforma će sačuvati jedinstvene atribute svake baze podataka dok nudi poboljšanu skalabilnost, šire analitičke mogućnosti i poboljšano predstavljanje podataka. Dr. Travis Wheeler, profesor na Sveučilištu u Arizoni i ko-voditelj projekta Dfam, istaknuo je važnost ovog partnerstva u unapređenju otvorene znanosti.
On je izjavio da nijedan projekt sam po sebi ne može postići viziju potpuno integriranog, otvorenog pristupa resursu. Kolaboracija, objasnio je, pruža priliku za uspostavljanje jedinstvene temelje za istraživanje transponibilnih elemenata koje se usklađuje s potrebama genomske zajednice.
Istraživači će također raditi na usklađivanju preklapajućih unosa, migraciji specijaliziranih alata za kustosiranje i stvaranju novih strategija za rukovanje sve većom količinom podataka o transponibilnim elementima proizvedenih modernim tehnologijama sekvenciranja. Ključni članovi Repbase kustosnog tima ostat će aktivni sudionici u projektu Dfam, osiguravajući kontinuitet u procesu kustosiranja. Njihovo sudjelovanje je od ključne važnosti u vođenju integracije dva resursa i podržavanju budućeg napretka u klasifikaciji i anotaciji transponibilnih elemenata.
Očekuje se da će jedinstveni resurs koristiti brojnim područjima istraživanja, uključujući evolucijsku biologiju, anotaciju genoma, biomedicinske studije i poljoprivredne znanosti.
Ova odobrena sredstva namijenjena su pokrivanju potreba za uspostavljanjem i provedbom programa za istraživanje i inovacije u području istraživanja i inovacija u okviru programa za istraživanje i inovacije u području istraživanja i inovacija.
★
Neka vijesti ostanu poštene.
ObjectiveNews financiraju čitatelji i bez oglasa je – pristranost vam pokazujemo, ne skrivamo. Podržite neovisno novinarstvo za 5 €/mjesec.
Postani podupiratelj
United Kingdom
